梅本神社は、元は平清水字梅本山にありましたが、明治末期の神社合祀令により、明治38年（1905）2月2日付けで、平清水字浦山にあった八王子神社・若宮神社とともに、現在地に合祀されました。

梅本神社の祭神は定かでなく、神社が元あった場所の地名をとって、梅本神社としたようです。ただ、明治24年（1891）神社明細書では、梅本神社の前身神社の祭神は天手力男命となっているそうで、このことからすると元は戸隠神社だったのかもしれません。（参考：奈良市史社寺編699〜700ページ）

奈良県（大和国）側の、白砂川・安郷川沿いの村々には、戸隠神社と九頭神社が点在しています。布目川上流にも戸隠神社がいくつかあります。

梅本神社が戸隠神社だったとすれば、安郷川沿いの平清水にも戸隠神社があったということになります。この地域の戸隠神社・九頭神社の多くには、竜神の信仰があり、雨乞いや農業の神様として崇敬されてきたといいます。奈良市東部には、山一つ越えた京都府側（山城国）には見られない、独特の文化があるようです。